Родена е на 2 февруари 1922 г. в София. Баща ѝ Константин Мутафов е драматург в Народния театър „Иван Вазов“. Роден е в град Русе, където малката Стоянка често гостува в своето детство.

През 1941 г. завършва Първа софийска девическа гимназия. Мутафова завършва класическа филология в Софийския университет „Климент Охридски“, Държавна театрална школа към Народен театър „Иван Вазов“ в София (1946 – 1947) и театралния отдел на Академията за изкуства в Прага, Чехословакия (1947 – 1949).

От 1946 г. до 1949 г. работи в театър в Прага, а от 1949 до 1956 г. в Народния театър. Тя е сред основателите на Държавния сатиричен театър „Алеко Константинов“, където работи от 1956 до 1991 г., след това в Драматичен театър „Адриана Будевска“ в Бургас – от 1991 г.

Играе в над 90 театрални постановки. Измежду пиесите с нейно участие са „Три сестри“, „Дванайсета нощ“, „Големанов“ (където играе баба Гицка), „Госпожа Министерша“, „И най-мъдрият си е малко прост“ и „Арсеник и стари дантели“.

Популярна с ролите си във филмови и телевизионни продукции като „Големанов“, „Вражалец“, „Милионерът“, „Новогодишна шега“, „Топло“, „Любимец 13“, „Специалист по всичко“, „Кит“ и други. Известни нейни сценични партньори са Георги Парцалев, Георги Калоянчев, Апостол Карамитев, Невена Коканова.
Стената на славата пред Театър 199 – пано с отпечатъци, послание и шарж на Стоянка Мутафова.

През 1980 г. играе ролята на баба Цоцолана в серийния филм на Българската телевизия „Патиланско царство“, базиран на едноименната литературна поредица на Ран Босилек.

На Стената на славата пред Театър 199 има пано с нейните отпечатъци. Кандидат за Световен рекорд на Гинес в категорията „Най-възрастна активно играеща на сцената актриса“.[6]

През периода 2011 – 2018 г. Мутафова играе баба Марийка Чеканова в сериала на bTV „Столичани в повече“.

На 94-годишна възраст през 2016 г., осъществява мащабно турне в театрални зали в САЩ, Канада, Германия, Нидерландия, Швейцария и Великобритания.

От 1 ноември 2017 г. пътува в цялата страна заедно с дъщеря си Мария Грубешлиева, с която провежда творчески-срещи разговор и представяне на книгата „Добър вечер, столетие мое“. Гостува с книгата си в Пловдив, Стара Загора, Кюстендил, Русе, Пазарджик, Хасково, Димитровград, Шумен, Велико Търново, Горна Оряховица, Перник, Велинград, Силистра, Тутракан, Балчик, Поморие, Трявна, Левски, Царево, Бургас, Асеновград, София, и др. По време на националното турне е получана близо 20 почетни знака, някои от които в градовете Левски, Трявна, Поморие, Бургас, Пловдив, Асеновград и други.

На 2 февруари 2019 г. Стоянка Мутафова отбелязва своите 70 години на сцена и 97-ми рожден ден в зала 1 на НДК.

 

Нейният богат житейски път завърши на  6 декември 2019 г.