Кирил Ананиев е роден на 2 юли 1955 година в София. Завършва специалност „Финанси и кредит“ във Висшия икономически институт „Карл Маркс“, София. Специализира в УНСС и в Съединените американски щати.

През 1980 година постъпва на работа в Министерство на финансите. Започва като специалист в дирекция „Финанси и нормативи на социално-културната сфера“, след което последователно е заемал длъжностите главен експерт в същата дирекция, главен специалист в дирекция „Финанси на извънпроизводствената дейност“ и началник-отдел на Главно управление „Държавни разходи“. В периода от 1996 до 1998 година работи като завеждащ „Финансово-административната служба“ в постоянно представителство на Република България към ООН и други международни организации в Женева.  Заместник-министър на финансите в правителствата на Иван Костов, Симеон Сакскобургготски, Сергей Станишев, Бойко Борисов и служебното правителство на Георги Близнашки. От януари до май 2017 година е служебен министър на финансите – в кабинета на проф. Огнян Герджиков. От 10 ноември 2017 г. е министър на здравеопазването в третия кабинет на Бойко Борисов.